utilisé comme contre-colorant dans la coloration de Ziehl-Neelsen pour la mise en évidence des mycobactéries aussi appelées B.A.A.R. (Bacilles Acido-Alcoolo-Résistants) par une technique de coloration à chaud : le Bleu de méthylène phéniqué colore le fond de la préparation en bleu
utilisé comme contre-colorant dans la coloration de Ziehl-Neelsen modifiée pour les micro-organismes semi acido-résistants : la coloration permet de distinguer Nocardia (souche semi acido-alcoolo-résistante) d'Actinomyces, d'Actinomadura et de Streptomyces (bactéries non semi acido-alcoolo-résistante)
